1，我有兩段序列，一段是基因組提取出來(lái)的CDS序列，一段是PCR出來(lái)的測(cè)序的序列，我們需要將它們比對(duì)，看看有沒有堿基的變化。這時(shí)候就需要用到Bioedit軟件了。首先，將兩端待比對(duì)的序列，放到記事本中，要fasta格式，做個(gè)例子，如下：

2，選中全部，CTRL+C，先復(fù)制。再打開Bioedit軟件，F(xiàn)ile>New Alignment，再File>Import FromClipboard，就出來(lái)這樣的畫面了。

3，再選中兩條序列，點(diǎn)Accessory Application的ClustalW Multiplealignment。

4，彈出這樣一個(gè)界面，勾選后，點(diǎn)擊Run ClustalW，再點(diǎn)OK。

5，點(diǎn)一下那個(gè)按鈕，相同堿基的就會(huì)變成點(diǎn)，不同的堿基就會(huì)顯示出來(lái)，和CDS序列比對(duì)，PCR測(cè)序的序列發(fā)生了兩個(gè)點(diǎn)突變。有時(shí)候測(cè)序的序列需要反向互補(bǔ)，則選中序列，用“ctrl+shift+R”，如果要翻譯序列則是“ctrl+T”。

6，最后，感謝我美麗的吳師姐教導(dǎo)~