1.火山圖可以用來展示基因表達的總體差異情況，通常使用紅色表示上調(diào)，綠色表示下調(diào)，灰色表示無顯著變化。

2.在火山圖中，縱坐標(biāo)p的負(fù)對數(shù)，顯著性是指p值小于0.05，p越小，點位置越高。Y=1.3以上的點p＜0.05，越上越小

3.倍數(shù)變化被用來判斷基因表達的差異，當(dāng)基因表達的變化超過兩倍時，可以定義為差異表達基因。橫坐標(biāo)的fc表示倍數(shù)變化，以≥2來作為標(biāo)準(zhǔn)

1.熱圖，用于展示基因在不同樣本中的表達情況。熱圖由小色塊構(gòu)成的數(shù)值矩陣，每個色塊代表一個基因的表達量，顏色越紅表達量越高，越藍表達量越低。tumor指腫瘤樣本，normal指正常樣本

2.聚類分析，聚類分析可以將表達模式相似的樣本歸為一類，通過疊加可以形成層級結(jié)構(gòu)，指圖中所示頂部白色線條

3熱圖常常與火山圖一起使用，用來展示差異基因的表達情況

富集分析

1.富集分析，不篩選差異基因，預(yù)定義基因集A（自己想求證某個信號通路中的所有基因），自己的表達數(shù)據(jù)B（根據(jù)fold change基因表達程度排序），然后進行檢驗預(yù)定義基因集A是否在表達數(shù)據(jù)集B的頂端或底端富集或隨機分布，判斷基因集A在表達中的貢獻

2.縱坐標(biāo)ES富集分?jǐn)?shù)，指A在B中的頂部或底部過表達程度，富極分?jǐn)?shù)會隨著計算動態(tài)變化，并在最大峰值處達到最大值。根據(jù)富極分?jǐn)?shù)的正負(fù)值可以確定基因的位置，正值表示基因位于排序列表頂部，負(fù)值表示基因位于排序列表底部

3.排序列表橫坐標(biāo)是基因的表達量，一般從大到小排列

4.讀圖，rank文件排在峰值前代表上調(diào)，峰值后代表下調(diào)，NES是負(fù)值代表基因富集在底端，底端小于峰值，故該通路趨勢下調(diào)。

FDRq越小，假陽性越低，，p值越準(zhǔn)確