食品微生物檢測通常會檢測以下微生物：

1. 大腸桿菌：通常是用來檢測食品中是否存在糞便污染。

2. 沙門氏菌：是一種致病性較強的細菌，通常是檢測生肉和禽蛋中的常見細菌。

3. 葡萄球菌：是一種常見的食品中的致病性細菌，可以導致腹瀉、嘔吐、食物中毒等疾病。

4. 乙型鏈球菌和金黃色葡萄球菌：是在制作酸奶、芝士、熟肉和火腿等食品的過程中可能出現(xiàn)的細菌。

5. 肉毒桿菌：是一種導致肉毒癥的致病菌，通常在加工熟肉中進行檢測。

6. 真菌和霉菌：這些微生物可以在蔬菜、水果和堅果等食品中生長，并產(chǎn)生毒素，引起食物中毒。

7. 病毒：如諾如病毒、肝炎病毒、腺病毒等在未處理的食品中可能造成疾病爆發(fā)。

根據(jù)國家法規(guī)規(guī)定和食品加工的需求，可能存在檢測其他微生物的需求，例如面筋中的芽胞桿菌，酸菜和醬油中的乳酸菌，等等。