代謝物是生物體新陳代謝產(chǎn)生的小分子化合物的集合，通常指分子質(zhì)量小于1000Da的化合物，如氨基酸、多肽、糖類、有機酸、脂質(zhì)、維生素、生長因子、核苷和核苷酸等，這些物質(zhì)都是生物體內(nèi)產(chǎn)生和發(fā)現(xiàn)的，又稱內(nèi)源性代謝產(chǎn)物，通常所說的代謝物都是指內(nèi)源性代謝產(chǎn)物。外源性代謝物又稱外源性小分子，是指來源于食品添加劑、膳食補充劑、藥物以及環(huán)境污染物的化學(xué)物質(zhì)，這些外源性小分子進(jìn)入機體后通過吸收和代謝等途徑與機體的各系統(tǒng)相互作用，可能會導(dǎo)致內(nèi)源性代謝紊亂。

代謝組學(xué)分析技術(shù)并不能直接實現(xiàn)內(nèi)外源代謝物的區(qū)分，因為質(zhì)譜技術(shù)或核磁共振技術(shù)只能鑒定代謝物的種類，并不能檢測其來源。有些物質(zhì)既可以是機體正常新陳代謝產(chǎn)生的，也可以是通過其他渠道攝入的。除非已知或預(yù)測某種物質(zhì)為外源或內(nèi)源代謝物，然后用于驗證其在樣品中是否存在。

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